Stepwise origin and evolution of a cryptic antimicrobial peptide in mammalian lactoferrin
本研究は、古代哺乳類の祖先タンパク質を再構築する手法を用いて、哺乳類のラクトフェリンに埋め込まれたクリプティックな抗菌ペプチド「ラクトフェリシン」が、陽性荷電と疎水性アミノ酸の段階的な蓄積を経て膜破壊能を獲得し、その後霊長類の進化過程で自然選択により抗菌活性がさらに強化されてきたことを明らかにしました。
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evolutionary biology
451 件の論文
Phylo-Movies: Animating Phylogenetic Trees from Sliding-Window Analyses
Phylo-Movies は、複数の配列アライメントのスライディングウィンドウ解析から得られる連続する系統樹の位相的変化を解釈可能な部分ツリーの移動として分解し、アニメーションで可視化するブラウザおよびスタンドアロンツールであり、ノロウイルスの組換え断点の特定やブートストラップ反復におけるロギータックスの検出に有用である。
The fate of mutations on Y chromosomes andautosomes: a unified Wright-Fisher frameworkaccounting for segregation time
この論文は、Y 染色体と常染色体の両方を統一的な Wright-Fisher モデルに組み込み、拡散近似と数値解析を用いて、固定確率だけでなく分離時間という重要な要素も考慮した上で、両染色体における変異の運命を包括的に解明する枠組みを提案しています。
Module-selection balance in the evolution of modular organisms
この論文は、変異的モジュール性を持つ生物において、強い選択と弱い選択を受ける形質が異なる進化速度ではなく、一定の比率で同時に改善される「モジュール選択平衡」という新たな進化制約が存在し、これが長期的な形質進化を規定することを理論的および実験的データから示しています。
Disentangling shape and size in a population of unusually large Threespine Stickleback (Gasterosteus aculeatus) from Vancouver Island, British Columbia
本論文は、バンクーバー島のサラタ湖に生息するスリースピンスティッケルバックの大型個体が、単なる等方的な増大ではなく、頭蓋の背側拡大や骨盤鎧の強化といった異速成長の変化を示し、これが雌の繁殖力選択、湖中生態的地位、および捕食圧の複合的な要因によって駆動されている可能性を、3 次元幾何学的形態計測法を用いて明らかにしたものである。
An HSP90-released reduced-eye phenotype alters light-dependent behaviour in Tribolium castaneum
本論文は、HSP90 の阻害により赤コクツボムシ（Tribolium castaneum）で発現した小眼形質が光感知能力の低下をもたらすことで、光ストレス下での行動適応性を高め、HSP90 が進化のキャパシタとして機能し得ることを初めて示したものである。
Distribution of genetic paternity in primate groups
本研究は、52 種の野生霊長類の遺伝的親子関係データを含む公開データベースを構築し、系統発生、群れの構成、繁殖季節性などの要因を解析することで、主要なオスの親子関係の割合が群れの構成（特に単雄群と多雄群、あるいはペアの形態）によって強く予測される一方で、繁殖季節性との関連は認められず、社会構造と親子関係の結びつきは単純なカテゴリー予測よりも複雑であることを明らかにした。
Evidence of latency reshapes our understanding of Ebola virus reservoir dynamics
本研究は、新たな系統解析手法を用いてエボラウイルスが流行間隔において数十年にわたる潜伏状態を経て維持されていることを示唆し、その進化史や中央アフリカにおける地理的拡散の理解を根本から変える証拠を提供するものである。
How much information is there for inferring species trees?
この論文は、大規模な系統ゲノムデータセットにおいて、情報が豊富な場合より多くのデータが有用である一方、情報が乏しい場合は最も情報量の多い遺伝子座のみを抽出するサブサンプリングの方が、種系統樹の推定精度を向上させる可能性があることを示しています。
The geometry of gametic dispersal in a flying mammal, Rhinolophus hipposideros
本論文は、コウモリ（Rhinolophus hipposideros）における出生地分散と配偶分散を個別に推定・統合することで、個体の移動と遺伝子流動が乖離するメカニズムを初めて定量的に解明し、平均 11km の配偶分散が遺伝的構造を説明し、両者を組み合わせた配偶子分散距離は平均 20km の肥厚尾部分布を示すことを報告している。
Functional analysis of the Nematostella Wnt/β-catenin destruction complex provides insight into the evolution of a critical regulatory module in a major metazoan signal transduction pathway
本論文は、AI 予測と機能解析を組み合わせることで、刺胞動物（Nematostella）における Wnt/β-カテニン破壊複合体が、両側動物の高度な結合ドメインに先立って、低親和性の結合モチーフを介して機能していたことを示し、この重要なシグナル伝達経路の進化過程を解明した。
Partitioning the genomic journey to becoming Homo sapiens
本論文は、現代人類とアーカイック人類が共通の種に属しつつも、脳機能や頭蓋骨形態に関連する特定の遺伝的変異が現代人類にのみ固有に蓄積され、ネアンデルタール人への遺伝子流動が起きなかったことを示唆し、両者が独立して変異と文化的革新を積み重ねてきたと結論付けています。
Mutualistic rhizobia harbor genetic variation for traits related to parasite infection
この研究は、栄養共生体である根粒菌が宿主植物の寄生虫感染に対する抵抗性や共生の安定性に関わる形質に遺伝的変異を有しており、栄養共生体が宿主の防御形質の進化可能性を形成する上で重要な役割を果たす可能性を示しています。
Effect of population structure and stabilizing selection on quantitative genetic variation
この論文は、無限島モデルを用いた解析的近似と個体ベースシミュレーションを比較することで、分岐集団における安定化選択と移動が、移動閾値付近で遺伝的変異を最大化し、集団間での遺伝的基盤の類似性や GWAS の転用可能性に非単調な影響を与えることを明らかにしたものである。
The emergence and molecular evolution of H5N1 influenza viruses in United States dairy cattle
2024 年および 2025 年に米国で検出された H5N1 インフルエンザウイルス（B3.13 および D1.1 遺伝子型）は、野生鳥類から牛へ感染し、検出前に数ヶ月にわたる潜伏的な伝播を経て牛集団内で急速に進化・適応したことを、ゲノム解析と系統動態解析を通じて明らかにした。
Signal, noise, and bias in phylogenetic inference:potential and limits to the resolution of phylogenetic trees in the phylogenomic era
本論文は、系統ゲノミクス時代における樹形推定の限界を理論的に解明し、シグナル、ノイズ、バイアスがデータ量に対して異なる増大特性を示すことを示すことで、不整合の理解、実験設計の改善、そして生命の樹の効率的かつ正確な解明への道筋を提供しています。
The Speciation Continuum in Bloom: Incomplete Lineage Sorting, Gene Flow, and Reticulate Evolution in Rapidly Diverging Plant Lineages
本論文は、不完全な系統分岐や遺伝子流動、交雑といった複雑な要因が関与する急速に分化した Petunia 属の系統において、従来の系統樹ではなく分岐ネットワークを用いた統合解析を行うことで、多くの系統が完全な独立種ではなく分化の連続体上に位置し、確定的に別種と認められるのは 4 系統のみであることを明らかにし、同様の系における種分化の境界決定枠組みの精緻化の必要性を強調しています。
Phylogenomics of the mega genus Bulbophyllum (Orchidaceae) and implications for its infrageneric classification
本論文は、63 個の葉緑体遺伝子を用いた大規模な系統ゲノム解析により、世界最大級のラン科植物属である Bulbophyllum の進化関係を解明し、特にアジア系統の二大分岐や既存分類群の単系統性を初めて明確に示すことで、今後の分類体系改訂の基盤を確立したものである。
To self or to clone? Southern European woodland strawberry genotypes self-fertilize, whereas eastern European genotypes clone in a pollinator-free common garden.
この研究は、受粉媒介者がいない環境下で、南ヨーロッパのヤブイチゴ個体群が自家受粉し、東ヨーロッパの個体群がクローン繁殖に依存するという地理的な変異と、両者の繁殖様式間にトレードオフが存在することを明らかにしました。
Range-wide genetic population structure and environmental adaptation in the eastern oyster (Crassostrea virginica) provides insight for aquaculture
この研究は、20 万 SNP アレイを用いた広域ゲノム解析により、アメリカ東部からメキシコ湾にかけてのマガキの遺伝的構造と環境適応を解明し、養殖における気候変動耐性育種への示唆と人間活動がもたらす複雑な遺伝的影響を明らかにした。